L'ASPO travaille aux niveaux local, régional, national et international. Elle collabore avec de nombreux partenaires. Organisation faîtière d'associations de protection de la nature et des oiseaux en Suisse, elle intégre deux organisations nationales, 17 sections cantonales et 500 sections locales. Elle est la partenaire en Suisse de BirdLife International, organisation active au plan mondial.
Sections locales
Les 500 sociétés locales de protection de la nature constituent la clé de voûte de la structure de l'ASPO. Ce sont elles qui défendent la plupart des causes de la protection de la nature à l'échelon communal. Nombre d'entre elles organisent aussi des activités régulières pour leurs membres et leurs groupes de jeunes.
BirdLife International est la fédération internationale d'organisations partenaires dans le domaine de la protection de la nature et des oiseaux. Son travail consiste à préparer des dossiers d'importance internationale, à coordonner la protection de la nature à travers le monde et à réaliser des projets sur chaque continent.